Original title: Analýza strukturních elementů DNA
Translated title: Analysis of DNA Structure Elements
Authors: Knytl, Marek ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Cílem této diplomové práce je návrh a implementace nástroje trackAnalysis pro statistickou analýzu strukturních elementů na DNA. Pozice jednotlivých elementů v rámci genomu jsou získány v podobě stopy a nad těmito pozicemi poté nástroj provádí sadu analýz, mezi které patří test náhodnosti stopy, test vzdáleností stop od genů, klasifikace, detekce shluků a překryvů. Výsledky jednotlivých testů je možné navzájem propojit. Výsledek bude poté zobrazen ve formě výpisu, grafu, případně nové anotační stopy. Důležitou částí této práce je rovněž otestování výsledného nástroje na sadě reálných dat. The aim of this master's thesis is the design and implementation of tool trackAnalysis for statistical analysis of DNA structure elements. The positions of individual elements in genome are obtained in the form of the track, and with these positions the tool performs a set of analyzes, including randomness test of track, test examining distances between track and genes, detection of clusters and overlaps. The indivudual tests results can be linked together. The results will be displayed in the form of a list, a graph or a new annotation track. An important part of this thesis is also testing the resulting tool on a set of real data.
Keywords: Annotation track; BED; Bioconductor; Gene ontology; R; track analysis; transcription factor; analýza stop; Anotační stopa; BED; Bioconductor; Gene ontology; R; transkripční faktor

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52708

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-610250


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses