Original title: Funkční anotace nemodelových bakterií s využitím sekvenční homologie
Translated title: Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Authors: Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Genomová sekvence je důležitým zdrojem informací v oblasti biologie, a proto je neustálým předmětem zájmu vědeckého výzkumu. Na práci s genomem a jeho analýzu nabízí bioinformatika různé výpočetní metody. Tato práce se věnuje bakteriálnímu genomu, jeho organizaci, základním vlastnostem a následně popisuje jeho anotaci. Zaměřuje se hlavně na funkční anotaci (popis biologické funkce predikovaných genů) na základě přiřazení takzvaných klastrů ortologních genů (COG) s využitím sekvenční homologie. Popisuje nejpoužívanější nástroje a databáze, které se využívají pro COG anotaci a poté několik z nich porovnává při anotaci sedmi bakteriálních genomů. Jejím hlavním cílem je navrhnout metodu, která vylepší COG anotaci a zjednoduší její výslednou vizualizaci. The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
Keywords: anotace bakteriálního genomu; bakterie; COG; funkční anotace; ortologní geny; bacteria; bacterial genome annotation; COG; functional annotation; orthologous genes

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/205749

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-610242


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses