Original title: Shlukování biologických sekvencí
Translated title: Clustering of Biological Sequences
Authors: Kubiš, Radim ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Jedním z hlavních důvodů, proč se proteinové sekvence shlukují, je predikce jejich struktury, funkce a evoluce. Mnoho současných nástrojů má nevýhodu ve velké výpočetní náročnosti, protože zarovnává každou sekvenci s každou. Pokud některý nástroj pracuje výrazně rychleji, nedosahuje oproti ostatním takové přesnosti. Další z nevýhod je zpracování na vyšších mírách podobnosti, ale homologní proteiny si mohou být podobné i méně. Proces shlukování také bývá ukončen při dosažení určité podmínky, která však nezohledňuje dostatečnou kvalitu shluků. Diplomová práce se zabývá návrhem a implementací nového nástroje pro shlukování proteinových sekvencí. Nový nástroj by měl být výpočetně nenáročný, se zachováním požadované přesnosti, a produkovat kvalitnější shluky. Práce dále popisuje testování navrženého nástroje, zhodnocení dosažených výsledků a možnosti dalšího rozvoje. One of the main reasons for protein clustering is prediction of structure, function and evolution. Many of current tools have disadvantage of high computational complexity due to all-to-all sequence alignment. If any tool works faster, it does not reach accuracy as other tools. Further disadvantage is processing on higher rate of similarity but homologous proteins can be similar with less identity. The process of clustering often ends when reach the condition which does not reflect sufficient quality of clusters. Master's thesis describes the design and implementation of new tool for clustering of protein sequences. New tool should not be computationally demanding but it should preserve required accuracy and produce better clusters. The thesis also describes testing of designed tool, evaluation of results and possibilities of its further development.
Keywords: bioinformatics; biological sequence; Clustering; comparison; hierarchy; protein; similarity; bioinformatika; biologická sekvence; hierarchie; podobnost; porovnání; protein; Shlukování

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52296

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-606280


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses