Original title: Vizualizace genomických rysů transposonů
Translated title: Visualization of Transposons' Genomic Features
Authors: Nétková, Barbora ; Bendl, Jaroslav (referee) ; Vogel, Ivan (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2014
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá vizualizací genomických rysů transposonů. Vstupní soubor k vizualizaci je typu GFF. Tento typ souboru má pevnou definici a v dnešní době je tento typ souboru běžně používaný k popisu genomů. Přestože již existuje několik nástrojů, které vizualizaci z GFF souborů umožňují, volně dostupný nástroj s různými možnostmi vizualizace a snadným ovládáním chybí. Aplikace prezentovaná v této práci má za úkol spojit výhody existujících komerčních produktů s volnou dostupností. K ovládání aplikace slouží grafické uživatelské rozhraní. Aplikace umožňuje snadno nahrát vstupní soubor, vytvořit hierarchicky strukturovaný strom z jednotlivých prvků a následně umožní vizualizaci jednotlivých prvků a jejich vnitřní struktury v pravé části okna aplikace. This thesis deals with visualization of transposons' genomic features. The Genomic feature format (GFF) is an input file to visualisation. This type of file has strict definition and it is nowadays a de-facto standard format for genome description. Although there are several tools for GFF visualization, an open source application with advanced visualization features is missing. This work presents a design of such a tool. The application has a graphical user interface to simplify the user's work and combines the advantages of existing commercial products with free access. The application provides simple way to import user's biological data from a GFF file, creates hierarchical tree of individual elements including a detailed internal structure visualization in a subwindow.
Keywords: DNA; genomic features; GFF; hiararchical tree; transposons; visualisation; DNA; genomické rysy; GFF; hierarchický strom; transposony; vizualizace

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/56601

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-600038


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses