Original title: Metody predikce sekundární struktury RNA
Translated title: Methods for prediction of RNA secondary structure
Authors: Polzerová, Nikola ; Musilová, Jana (referee) ; Šabatová, Kateřina (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou. This bachelor thesis discuss RNA secondary structure and it’s prediction in particular. It describes various secondary structure elements and presents some secondary structure prediction methods. Within the framework of bachelor thesis, three computational methods for secondary structure prediction were implemented in programming and numeric computing platform MATLAB. These methods are Nussinov algorithm, Zuker algorithm and Crumple method. Implemented algorithms approched the prediction in terms of base pair maximalization or free energy minimalization. Their function was verified on the created dataset and the results were compared with known secondary structures.
Keywords: base pairs maximalization; Crumple method; free energy minimalization; Nussinov algorithm; RNA; RNA secondary structure; Zuker algortihm; algoritmus podle Zukera; algoritmus pro metodu Crumple; maximalizace bázovách párů; minimalizace volné energie algoritmus podle Nussinové; RNA; sekundární struktura RNA

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/198496

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-585367


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses