Original title: Vyhledávání kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu
Translated title: Identification of coding regions using DNA spectrogram analysis
Authors: Spíchalová, Barbora ; Provazník, Ivo (referee) ; Kubicová, Vladimíra (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu. V teoretické části jsou popsány numerické reprezentace genomických dat, možnosti úprav sekvencí DNA a charakteristika metod pro vyhledávání kódujících úseků. Nejpoužívanější metodou pro zpracování DNA je diskrétní Fourierova transformace, díky které jsme schopni v sekvenci vyhledávat požadované úseky. Dále je uveden teoretický postup pro vytvoření spektrogramu a výčet vzorů z něj detekovatelných. Nabyté teoretické znalosti nám slouží k praktické realizaci konkrétních metod v programovém prostředí MATLAB. Vytvořili jsme program pro detekci kódujících úseků ze spektrogramu a nalezení jejich přesných pozic v sekvenci. Námi dosažené výsledky jsou v závěru porovnány s databází NCBI. The Bachelor’s Thesis deals with coding identification of coding regions using DNA spectrogram analysis. The theoretical part describes numerical representations of genomic data and methods for editing DNA sequences. The types of methods used for DNA spektrogram construction and characteristic patterns detected by spectrogram are described. The most used method for data processing is discrete Fourier transformation that enables us to scan sequences for required data. There is also a theoretical part about creating a spectrogram and a list of detected samples. Knowledge of this is used to program specific methods in Matlab. We created a program for detection of coding parts in Spectrogram and defining their accurate positions in the sequence. Acquired results are discussed and compared with the NCBI database at the end of this work.
Keywords: coding region of the DNA; discrete Fourier transform; DNA sequence; spectrogram.; diskrétní Fourierova transformace; kódující oblasti DNA; Sekvence DNA; spektrogram.

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/26183

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-583153


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses