Original title: Predikce homologních sekvencí proteinů
Translated title: Prediction of Homolog Protein Sequences
Authors: Chlupová, Hana ; Bendl, Jaroslav (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Predikce a vyhledávání homologních sekvencí proteinů je jednou z řady důležitých oblastí, které jsou v současnosti řešeny v rámci bioinformatiky. Díky určení homologních sekvencí proteinů k hledanému neznámému proteinu je často možné zjistit jeho strukturu a funkci v organismu. Pro vyhledávání homologních sekvencí se často používají nástroje založené na přímém porovnávání sekvencí, další metody využívají profily vzniklé z vícenásobného zarovnání sekvencí nebo provádějí vyhledávání pomocí konstrukce skrytých Markovových modelů. Nejde však určit univerzální metodu, která by převyšovala ostatní. Pro maximální uspokojení požadavků týkajících se například požadované sekvenční identity a poměru správně nalezených a falešně označených homologů je nutné zvolit vhodný typ metody a jejích parametrů. Tato práce se zabývá vývojem nástroje, který na základě provedené analýzy různých metod a jejich nastavení určí, jakou metodu a její parametry by měl uživatel zvolit. Program pak umožňuje spuštění této metody a zobrazení jejich výsledků.   Prediction and searching for homologous protein sequences is one of important tasks which are currently being addressed in the area of bioinformatics. According to the determination of homologous sequences of unknown protein sequence it is often possible to determine its structure and function in the organism. For searching homologous sequences, the most frequently used tools are based on direct sequence comparison, profile comparison or on the use of hidden Markov models. There is no universal method better than all others. To satisfy user`s request on needed sequence identity between domains and error rate between founded true positive and false positive pairs, the selection of proper method and its settings is needed. This work is focused to create tool which will help user to choose the best method and its settings according to his requirements. It was created on the basis of the analysis of method results with different settings. In addition, the implemented  application offers the possibility to run this method and show its results.
Keywords: hidden Markov models; HMM; prediction of homology sequences; proteins.; HMM; predikce homologních sekvencí; proteiny; skryté Markovovy modely

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52311

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-575383


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses