Original title: Klasifikace bakterií pomocí markerových genů
Translated title: Bacteria Classification Based on Marker Genes
Authors: Pelantová, Lucie ; Hon, Jiří (referee) ; Smatana, Stanislav (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2020
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Cílem této práce je návrh a implementace nové metody klasifikace bakterií podle sekvencí několika markerových genů. Pro řešení tohoto problému bylo zvoleno 10 markerových genů. Výsledný MultiGene klasifikátor dělí trénovací sadu do několika skupin a pro každou je vybrán gen dosahující nejlepších výsledků v jejím rozpoznání. V práci je popsána implementace MultiGene klasifikátoru a jeho otestování v porovnání s ostatními klasifikátory bakterií a s klasifikací čistě podle genu 16S rRNA. The aim of this work is proposal of new method for bacteria classification based on sequences of marker genes. For this purpose was chosen 10 marker genes. Resulting MultiGene classifier processes data set by dividing it in several groups and choosing gene for each group which can distinguish this group with best results. This work describes implementation of MultiGene classifier and its results in comparison with other bacteria classifiers and with classification based entirely on gene 16S rRNA.
Keywords: 16S rRNA; bacteria classification; marker genes; metagenomics; microbiome; taxonomy; 16S rRNA; klasifikace bakterií; markerové geny; metagenomika; mikrobiom; taxonomie

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/194970

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-574529


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses