Original title: Zarovnávání částí DNA
Translated title: Alignment of DNA Parts
Authors: Pejř, Václav ; Burgetová, Ivana (referee) ; Rozman, Jaroslav (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2010
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce si klade za cíl zjistit, jaké jsou možnosti v oblasti zarovnávání DNA sekvencí. Na základě těchto zjištění nalézt nejlepší řešení s ohledem na rychlost výpočtu a kvalitu zarovnání. Následně toto řešení implementovat a vytvořit tak fungující program, který bude zarovnání provádět. Práce se nejprve zaměřuje na uvedení do problematiky týkající se biologie, DNA a genetiky. Po uvedení následuje přehled algoritmů, které se pro zarovnávání používají, jejich zhodnocení a výběr nejvhodnějšího algoritmu pro implementaci. Dále se také práce zaměřuje na oblast využití paralelního programování pomocí knihoven OpenCL. Zarovnání se provádí nad mnoha sekvencemi současně, zkoumají se tedy metody jak toto zarovnání provádět a jak dosáhnout nejlepších výsledků. This thesis deals with finding the possibilities within the sphere of alignment of DNA sequences. Based on these findings, the best solution should be found with regard to the quickness of computation and quality of alignment. Following this I intend to implement and thus create a functioning program that will do the alignment. The thesis starts with introducing issues dealing with biology, DNA and genetics. The introduction is followed by a survey of algorithms that are used for alignment, their evaluation and selection of the most appropriate algorithm for the implementation. The thesis also focuses on the usage of parallel programming by means of OpenCL libraries. The alignment is being done above many sequences at the same time, so that the methods how this process can be done and how to reach the best results are being examined.
Keywords: adenosin; alignment.; basis; biology; blast; clustal; CUDA; cytosin; DNA; genetics; guanin; kernel; Needleman-Wunsch; OpenCL; paralelism; semence; Smith-Watermann; thymin; adenosin; biologie; blast; báze; clustal; CUDA; cytosin; DNA; genetika; guanin; kernel; Needleman-Wunsch; OpenCL; paralelismus; sekvence; Smith-Watermann; thymin; zarovnání.

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52990

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-571228


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses