Original title: Vývoj meta-serveru pro předpověď vlivu mutací na funkci proteinu
Translated title: Development of Meta-Server for Prediction of Mutations Effects on Protein Function
Authors: Lisák, Peter ; Burgetová, Ivana (referee) ; Jaša, Petr (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2009
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat, konkrétně předpovědí vlivu mutací na funkci proteinů z jejich sekvence a terciární struktury. V teoretickém úvodu práce shrnuje základy genetiky a bioinformatiky. Ve výsledkové části se práce zaměřuje na predikční nástroje SIFT, MAPP a AUTO-MUTE. Navrhuje způsob jednotného rozhraní pro práci s těmito nástroji. Společné rozhraní umožňuje zadávat výpočty a sbírat výsledky různých nástrojů z jednoho místa. Ze získaných dat predikuje vlastní konsensuální výsledek s očekávanou vyšší přesností než jednotlivé nástroje. Závěr práce je věnovaný testování aplikace na skutečných datech a porovnání předpovědí s experimentálně získanými výsledky. This bachelor thesis deals with analysis of genomic data, more specifically prediction of effects of mutations on protein function using a protein sequence or tertiary structure. The theoretical introduction describes the basics of genetics and bioinformatics and is followed by description of selected prediction tools such as SIFT, MAPP and AUTO-MUTE. A unified interface for work with different tools is proposed in the thesis. The meta-server interface allows running a computation and collecting results from one site. meta-server combines results of implemented tools and provides a consensual prediction, which is expected to be more accurate than the results from individual tools. Finally, testing of meta-server on the real data and comparisons of predictions with the experimentally obtained results are presented.
Keywords: AUTO-MUTE; bioinformatics; consensus; genetics; LLWS; MAPP; meta-server; mutation; prediction tool; protein; SIFT; substitution; AUTO-MUTE; bioinformatika; genetika; konsenzus; LLWS; MAPP; meta-server; mutace; predikční nástroj; protein; SIFT; substituce

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/54611

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-566855


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses