Original title:
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Translated title:
Approximate Palindrome Detection in DNA Sequences
Authors:
Divila, Jaroslav ; Lexa, Matej (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor) Document type: Master’s theses
Year:
2012
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Tato práce se zabývá návrhem a implementací nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů v sekvencích DNA. Zaměřuje se na popis DNA struktury, významu palindromů v DNA sekvencích a na popis metod pro vyhledávání přibližných palindromů. Hlavní část práce je zaměřena na návrh a popis implementace nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů.
This work deals with conception and implemetation of tools for finding approximate palindromes in DNA sequences. The work focuses on the description of DNA structure, and on the function of palindromes in DNA sequences, and on the description of methods for finding approximate palindromes. Main part of thesis is focused on conclusion and description of implementation approximate palidromes finding tool.
Keywords:
approximate palindromes; cruciform; DNA; dynamics programming; hairpin; palidrome detection; stem-loop detection; suffix array; suffix tree; DNA; dynamické programování; křížové struktury; přibližné palindromy; sufixová pole; sufixové stromy; vlásenky; vyhledávání palindromů; vyhledávání palindromů se smyčkou
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/53667