Original title: Efektivní hledání překryvů u NGS dat
Translated title: Effective Search for Overlaps in NGS Data
Authors: Matocha, Petr ; Martínek, Tomáš (referee) ; Puterová, Janka (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2017
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Hlavním tématem této práce je detekce překryvů u NGS dat. Práce obsahuje přehled sekvenovacích technologií, jenž jsou zdrojem NGS dat. V práci je obecně definován problém detekce překryvů DNA sekvencí. Následně je v práci vytvořen přehled dostupných existujících algoritmů a přístupů pro detekci překryvů u NGS dat. Jsou zde popsány základní principy těchto algoritmů. V druhé části práce je navržen vhodný nástroj pro detekci přibližných překryvů u NGS dat a popsána jeho implementace. V závěru práce jsou shrnuty a popsány experimenty provedené s tímto nástrojem a závěry, které z nich vyplývají. The main theme of this work is the detection of overlaps in NGS data. The work contains an overview of NGS sequencing technologies that are the source of NGS data. In the thesis, the problem of overlapping detection is generally defined. Next, an overview of the available algorithms and approaches for detecting overlaps in NGS data is created. Principles of these algorithms are described herein. In the second part of this work a suitable tool for detecting approximate overlaps in NGS data is designed and its implementation is described herein. In conclusion, the experiments performed with this tool and the conclusions that follow are summarized and described.
Keywords: algorithms for overlap detection; DNA; DNA sequencing; FM-index; genome; NGS data; NGS technologies; overlaps; overlaps detection; read; repetitive elements; suffix filters; algoritmy pro detekci překryvů; detekce překryvů; DNA; FM-index; genom; NGS data; NGS technologie; překryvy; read; repetitivní elementy; sekvenování DNA; sufixové filtry

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/69505

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-553886


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses