Original title: Analýza lokálních struktur v molekulách DNA
Translated title: Analysis of local structures in DNA molecules
Authors: Nyczová, Adéla ; Smetana, Jan (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2021
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Lokální struktury DNA jsou alternativními konformacemi, které dokáže DNA zaujímat oproti nejběžnější konformaci B-DNA. Tyto struktury hrají často zásadní roli v regulaci základních biologických procesů, jako je replikace DNA, transkripce či vazba specifických ligandů. Díky tomuto biologickému významu jsou alternativní sekundární struktury DNA potenciálním cílem řady léčiv. V této diplomové práci jsou pomocí bioinformatických nástrojů analyzovány lokální struktury v genomech virů z čeledí Flaviviridae a Retroviridae a následně jsou tyto struktury zobrazeny pomocí atomové silové mikroskopie. Local DNA structures are alternative DNA conformations which can be formed aside from typical B-DNA conformation. These structures often play pivotal roles in regulation of basic biological processes, such as DNA replication, transcription or binding of specific ligands. This biological significance makes alternative DNA secondary structures a potential drug target. In this diploma thesis, local structures in genomes of viruses from Flaviviridae and Retroviridae families are analysed using bioinformatics tools. Furthermore, these structures are visualised using atomic force microscopy.
Keywords: AFM; bioinformatics analysis; cruciform structure; DNA; quadruplex; viruses; AFM; bioinformatická analýza; DNA; kvadruplex; křížová struktura; viry

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/199767

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-552644


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses