Original title: Segmentace měkkých tkání v obličejové části myších embryí v mikrotomografických datech
Translated title: Segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos from X-ray computed microtomography data
Authors: Janštová, Michaela ; Harabiš, Vratislav (referee) ; Chmelík, Jiří (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2019
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato diplomová práce se zabývá segmentací měkkých tkání v obličejové části myších embryí v programovém prostředí Matlab. Segmentace měkkých tkání u myších embryí nebyla doteď plně automatizovaná a každý konkrétní úkol vyžaduje specifické řešení. Vyřešení dílčích problémů zefektivní a zrychlí tvorbu 3D modelu a takto poskytnou cenná data vývojovým biologům. Je zde popsána problematika barvení vzorků a segmentačních technik. Na základě dostupné literatury byly otestovány metody otsu prahování, narůstání oblastí, k-means shlukování a segmentace pomocí atlasů. V závěru práce je provedeno jejich testování a statistické vyhodnocení na 3D mikrotomografických obrazových datech. This diploma thesis deals with a segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos in Matlab. Segmentation of soft tissues of mouse embryos was not fully automated and every case needs a specific solution. Solving parts of this issues can provide valuable data for evolutionary biologists. Issues about staining and segmentation techniques are described. On the basis of accessible literature otsu thresholding, region growing, k-means clustering and segmentation with atlas were tested. In the end of this paper are those methods tested and evaluated on 3D microtomography data.
Keywords: atlas; computed tomography; k-means; mouse embryo; region growing; segmentation; Soft tissue; staining; statistics; thresholding; atlas; barvení; k-means; myší embryo; Měkká tkáň; narůstání oblastí; počítačová tomografie; prahování; segmentace; statistika

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/177644

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-551936


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses