Original title: Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování
Translated title: Signal processing based methods for genome assembly refinement
Authors: Jugas, Robin ; Provazník, Ivo (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Diplomová práce se zabývá sekvenačními metodami a metodami sestavení genomu s využitím numerických reprezentací. Teoretická část práce popisuje historii objevu DNA, jednotlivé generace sekvenačních metod, samotné metody sestavení genomu a definici numerických reprezentací. Numerické reprezentace slouží pro převod znakové podoby DNA do numerické podoby a umožňují tak využití metod digitálního zpracování signálu. V práci je navržen algoritmus pro sestavení genomu s využitím numerické reprezentace, který je dále otestován na datech sekvencí. The diploma thesis deals with sequencing methods and genome assembly methods including usage of numerical representations. The theoretical part of thesis describes the history of DNA research, generations of sequencing methods, the assembly methods themselves and definiton of numerical representations. Numerical represenatations serve to convert character form of DNA to numerical form and so allow to use digital signal processing methods. There is an algorithm for genome assembly using numerical represenatation proposed in thesis, which is later tested at sequence data.
Keywords: bioinformatics; DNA; draft assembly; genome assembly; numerical representations; sequencing; bioinformatika; DNA; neúplná genomová sestavení; numerické reprezentace; sekvenace; sestavení genomu

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/58957

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-543101


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses