Original title:
Rekonstrukce repetitivních elementů DNA
Translated title:
Reconstruction of Repetitive Elements in DNA
Authors:
Hypský, Jan ; Martínek, Tomáš (referee) ; Puterová, Janka (advisor) Document type: Master’s theses
Year:
2018
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus.
Eukaryotic genomes contain a large number of repetitive structures. Their detection and assembly today are the main challenges of bioinformatics. This work includes a classification of repetitive DNA and represents an implementation of a novel de novo assembler focusing on searching and constructing LTR retrotransposons and satellite DNA. Assembler accepts on his input short reads (single or pair-end), obtained from next-generation sequencing machines (NGS). This assembler is based on Overlap Layout Consensus approach.
Keywords:
de novo assembler; LTR retrotransposons; Overlap Layout Consensus; repeats assembly; repetitive DNA; satellite DNA; short reads; de novo assembler; krátké ready; LTR retrotranspozony; Overlap Layout Consensus; repetitivní DNA; satelitní DNA; sestavení repetic
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/84923