Original title: Detekce variability rDNA u rostlin
Authors: Menšíková, Simona
Document type: Master’s theses
Year: 2023
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Oblast ITS1–5,8S–ITS2 ribozomální DNA představuje jeden z nejoblíbenějších molekulárních markerů ve fylogenetice. Podrobných analýz 5,8S rDNA je však nedostatek a většina se zabývá kompletní oblastí včetně vnitřních transkribovaných mezerníků ITS. V této závěrečné práci byly sekvence 5,8S rDNA podrobeny bioinformatické analýze za účelem srovnání variability ribozomálních genů jednoděložných a vyšších dvouděložných rostlin. Analyzovaná sekvenční data oblastí ITS1–5,8S rDNA–ITS2 byla získána experimentálním přístupem z izolované DNA a vyhledáním v databázích nukleových kyselin. Variabilita byla hodnocena celkem u 114 sekvencí pro každou skupinu. Na základě mnohačetného přiřazení sekvencí proběhla identifikace konzervovaných oblastí a kvantifikace genových mutací. Vyšší heterogenita byla detekována u sekvencí 5,8S rDNA skupiny vyšších dvouděložných rostlin, nebyl však potvrzen statisticky signifikantní rozdíl v zastoupení variabilních míst (15,2 % a 19,3 %) ani v celkovém počtu mutací. Manuální detekce pseudogenů, založená na vyhledání rostlinných konzervovaných motivů 5,8S rDNA, délce sekvencí, obsahu GC bází a in silico predikci sekundární struktury, odhalila celkem 12 potenciálně nefunkčních kopií genu 5,8S rDNA. The ITS1-5,8S-ITS2 sequence region of ribosomal DNA represents one of the most popular molecular marker in phylogenetics. However, detailed analyses of 5,8S rDNA are scarce and most of them deal with the complete region including the internal transcribed spacers ITS. In this thesis, 5,8S rDNA sequences were subjected to bioinformatic analysis to compare the variability of ribosomal genes in monocot and eudicot plants. The analyzed sequence data of the regions ITS1-5,8S rDNA-ITS2 were obtained by an experimental approach from isolated DNA and by searching in nucleic acid databases. The variability was assessed in total 114 sequences for each group. Multiple sequence alignments were used to identify conserved regions and to quantify gene mutations. Higher heterogeneity was detected in the 5,8S rDNA sequences of the eudicot group, but no statistically significant difference in the representation of variable sites (15,2 % and 19,3 %) or in the total number of mutations was confirmed. Manual pseudogene detection, based on plant conserved 5,8S rDNA motifs search, sequence length, content of GC and in silico secondary structure prediction, revealed a total of 12 potentially non-functional copies of the 5,8S rDNA gene.
Keywords: 5; 8S rDNA; eudicotyledons; jednoděložné rostliny; monocotyledons; mutace; mutation; sekvenční analýza; sequence analysis; variabilita; variability; vyšší dvouděložné rostliny

Institution: Mendel University in Brno (web)
Document availability information: Available in the digital repository of Mendel University.
Original record: https://is.mendelu.cz/zp/index.pl?podrobnosti=113953

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-539793


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Mendel University in Brno
Academic theses (ETDs) > Master’s theses