Original title: Konstrukce a charakterizace rekombinantních systémů pro analýzu stresové odpovědi u rhodokoků degradujících polutanty
Translated title: Construction and characterization of recombinant systems for stress response analysis in pollutant-degrading rhodococci
Authors: Křenková, Lucie ; Štěpánek, Václav (advisor) ; Marešová, Helena (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2023
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Rhodococcus je rod grampozitivních nesporulujících aktinobakterií ze skupiny Mycolata, který vyniká svou odolností vůči mnohým fyzikálním a chemickým stresorům a obrovským metabolickým potenciálem, což umožňuje jeho zástupcům účinně degradovat širokou škálu toxických sloučenin. Pro efektivní využití těchto schopností je nezbytné znát molekulární podstatu odpovědi rhodokoků na působení stresů, jejíž regulaci řídí především faktory σ RNA polymerázy. Funkce těchto stresových faktorů σ jsou však u rhodokoků jen málo popsány. Tato práce se zabývá možnostmi využití Rhodococcus erythropolis CCM2595 jako modelového organismu pro studium stresových odpovědí u rhodokoků. Byl vytvořen sigH mutant R. erythropolis, zkonstruovány jednoplazmidové kmeny pro studium aktivit promotorů stresových genů přímo v R. erythropolis a testována jejich odpověď na osmotický, teplotní a oxidativní stres měřením intenzity fluorescence produkovaného GFP. Dále byly připraveny funkční homologní dvouplazmidové kmeny využívající indukovanou nadexpresi faktorů . Srovnání s heterologními systémy založenými na hostiteli Corynebacterium glutamicum však ukázalo, že využití samotných rhodokoků jako hostitelů pro dvouplazmidové systémy je zatím omezené, patrně kvůli nestabilitě plazmidů v buňkách rhodokoků. Pro rutinní přiřazování... Genus Rhodococcus is represented by Gram-positive, mycolate-containing non- sporulating actinobacteria that excel in their ability to withstand effects of various physical and chemical stressors. Their enormous metabolic capacity allows them to efficiently degrade a wide range of toxic compounds. To benefit from these capabilities, it is essential to know the molecular basis of their response to the stresses, the regulation of which is primarily controlled by σ factors of RNA polymerase. These σ factors are still poorly described in rhodococci. This thesis aims to explore the potential of Rhodococcus erythropolis CCM2595 as a model organism for studying stress responses in rhodococci. R. erythropolis ΔsigH mutant and single-plasmid strains have been constructed which allow studying promoter activities of genes responding to osmotic, heat, and oxidative stress by measurement of GFP fluorescence intensity, in the cells of R. erythropolis. Further, homologous two- plasmid strains, which support induced overproduction of s factors, were also constructed. Comparison with analogous Corynebacterium glutamicum host-based systems showed that the use of rhodococci themselves as hosts for plasmid systems is still very limited, probably due to the plasmid instability in rhodococcal cells. Thus, for routine...
Keywords: expression system; promoter; recombinant strain; Rhodococcus erythropolis; sigma factors; stress responses; expresní systém; faktor sigma; promotor; rekombinantní kmen; Rhodococcus erythropolis; stresové odpovědi

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/184826

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-536003


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses