Original title:
Arthroderma v srsti volně žijících hlodavců
Translated title:
Arthroderma in the fur of wild rodents
Authors:
Moulíková, Štěpánka ; Kolařík, Miroslav (advisor) ; Koukol, Ondřej (referee) Document type: Rigorous theses
Year:
2023
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Arthroderma je největší rod dermatofytů, hub způsobujících kožní infekce. Tento rod však bývá nejčastěji izolován z půdy obohacené o keratin. Ve své práci jsem izolovala zástupce rodu Arthroderma ze srsti volně žijících hlodavců v České republice. Získané izoláty (n = 29) jsem za použití polyfázického přístupu charakterizovala geneticky (ITS rDNA, tubb a tef1α), morfologicky, fyziologicky a pomocí křížicích experimentů. Druhá část práce spočívala ve využití data miningu ITS sekvenčních dat z databází GenBank a GlobalFungi, jehož cílem bylo objasnit biogeografii a ekologii druhů rodu Arthroderma. Celkem jsem izolovala osm druhů, z nichž čtyři jsou nově popsány. Tyto druhy se vyskytují i mimo Českou republiku a hlodavce, jsou známy sekvence i izoláty z jiných druhů zvířat a půdy v Evropě, Severní Americe a Asii. Data získaná pomocí data miningu potvrzují, že ekologická valence rodu Arthroderma je široká - některé druhy se zdají být vázány na zvířata (zde popsaný druh A. rodenticum), jiné se vyskytují typicky v půdě. Nízké počty sekvencí rodu Arthroderma v půdě však nasvědčují tomu, že se nejedná o půdní generalisty, ale o druhy závislé na přísunu keratinu. Toto je první práce využívající data mining pro studium rozšíření, ekologie a druhové diverzity dermatofytů. Klíčová slova: Arthroderma, data...Arthroderma is the most diverse genus of dermatophytes, fungi causing skin infections. However, the genus is most frequently isolated from soil enriched by keratin sources. In my study, I isolated several strains of Arthroderma from the fur of wild rodents from the Czech Republic. Using polyphasic taxonomy, I characterised the 29 strains genetically (ITS rDNA, tubb and tef1α), morphologically, physiologically, and by mating experiments. In the second part of the study, we used data mining of ITS sequence data from GenBank and GlobalFungi Database to further investigate biogeography and ecology of Arthroderma species. In total, eight Arthroderma species were isolated, including four new species. The geographical distribution of the new species was not restricted to the Czech Republic nor rodents, other strains have been isolated from different animal species and soil from Europe, North America and Asia. Data obtained by data mining confirmed that the genus has diverse ecology - some lineages seem to be closely associated with animals (here described A. rodenticum), while others occur typically in soil. However, low numbers of sequence reads of Arthroderma in soil show that the species are not soil generalists but rather dependent on keratin source. This is the first study using data mining to assess...
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/180307
guest ::
