Original title: qPCR diagnostika střevního prvoka \kur{Blastocystis} sp. v souboru vzorků od zdravých lidí
Authors: ŠLOUFOVÁ, Martina
Document type: Master’s theses
Year: 2022
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Hlavním cílem této práce bylo zavedení a optimalizace qPCR protokolu pro detekci střevního prvoka Blastocystis sp. Zároveň byla porovnána citlivost konvenční PCR (cPCR) a real-time PCR (qPCR) v souboru 288 vzorků od asymptomatických jedinců. Pomocí qPCR byla detekována celková prevalence Blastocystis sp. 29 %. Na základě našich výsledků jsme zjistili, že qPCR je citlivější metodou než cPCR. Dále byla posuzována diverzita subtypů stanovená dle Next-generation sekvenování (NGS) a Sangerova sekvenování. Diverzita subtypů na základě NGS zcela korelovala s výsledky ze Sangerova sekvenování, nicméně vykazovala vyšší citlivost v identifikaci směsných kolonizací subtypů v jenom hostiteli. Kombinace qPCR a NGS by mohla být přínosná pro budoucí epidemiologické studie. The main aim of this study was to introduce and optimize the qPCR diagnostic protocol for detection of intestinal protist, Blastocystis sp. We compared the sensitivity of conventional PCR (cPCR) and real-time PCR (qPCR) in a set of 288 human samples from gut-healthy individuals and subtype diversity as detected by Next-generation sequencing (NGS) versus Sanger sequencing. The overall prevalence of Blastocystis sp. was 29 %. Based on the results, we found out that qPCR is a more sensitive method than cPCR. In subtype detection, NGS was completely in agreement with Sanger sequencing but showed higher sensitivity for mixed subtype colonization within one host. A combination of these two approaches could be beneficial for future epidemiological studies.
Keywords: Blastocystis sp.; conventional PCR; next-generation sequencing; reeal-time PCR; Blastocystis sp.; konvenční PCR; next-generation sekvenování; reeal-time PCR
Citation: ŠLOUFOVÁ, Martina. qPCR diagnostika střevního prvoka \kur{Blastocystis} sp. v souboru vzorků od zdravých lidí. České Budějovice, 2022. diplomová práce (Mgr.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/62767

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-517396


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses