Original title: Strukturní studie halogenalkandehalogenasy DgaA z \kur{Glaciecola agarilytica} NO2
Authors: BERKOVÁ, Ivana
Document type: Master’s theses
Year: 2019
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Halogenalkandehalogenenásy (HLDs) jsou mikrobiální enzymy, které se staly významnou skupinou intenzivního zkoumání v rámci životního prostředí. HLDs jsou schopny ireverzibilní hydrolýzy širokého spektra halogenovaných sloučenin. Mohou být použity při průmyslové katalýze a bioremediaci znečišťujících látek životního prostředí. Protein DgaA byl prvně objeven v mořském sedimentu ve východní části Korei, který patří do nadrodiny a / hydroláz, izolovaná z psychrofilního a mírně halofilního organismu, Glaciecola agarilytica NO2. Hlavním cílem této práce bylo zpracování difrakčních dat z krystalů DgaA proteinů a následné řešení a zpřesnění struktury studovaného proteinu. Haloalkane dehalogenases (HLDs) are microbial enzymes that have attracted significant interest because of their ability to catalyze the irreversible hydrolysis of a wide range of halogenated compounds. These enzymes can be used as potential applicants in industrial catalysis, in the bioremediation and the biosensing of environmental pollutants. Novel haloalkane dehalogenase DgaA (EC 3.8.1.5, HLDs) belonging to the superfamily of / hydrolases, was isolated from a psychrophilic and moderately halophilic organism, Glaciecola agarilytica NO2, that was found in marine sediment collected from the East Sea, Korea. Main target of this thesis was the processing of diffraction data from crystals of DgaA proteins and subsequent solving and refinement of structure of studied protein.
Keywords: Bragg's law; crystallographic programs; haloalkane dehalogenases; phase problem; properties of protein crystals; refinement; space group; Structural studies; validation; WinCoot; X-ray diffraction; Braggův zákon; fázový problém; halogenalkandehalogenasy; krystalografické programy; prostorová grupa; refinement; rentgenová difrakce; Strukturní studie; validace; vlastnosti proteinových krystalů; WinCoot
Citation: BERKOVÁ, Ivana. Strukturní studie halogenalkandehalogenasy DgaA z \kur{Glaciecola agarilytica} NO2. České Budějovice, 2019. diplomová práce (Mgr.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/55984

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-514129


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses