Original title: Distribuce S-alel u rodu Brassica
Translated title: Distribution of S-alleles in Brassica genus
Authors: ŽALUDOVÁ, Václava
Document type: Master’s theses
Year: 2008
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Autoinkompatibilita (AI) je systém, který zabraňuje samoopylení v populaci a tím umožňuje tok genů a variabilitu. AI je determinována jedním polymorfním lokusem, S-lokusem, který obsahuje několik genů zodpovědných za autoinkompatibilní reakci. Jeden z genů ležících na S-lokusu je gen SLG, a na základě sekvenční podobnosti jsou alely genu SLG rozděleny do dvou skupin. První skupina je považována za dominantní a druhá skupina je recesivní. Klonovány a následně sekvenovány byly inkompatibilní linie a 5 odrůd Brassica napus. S rozdílnými SLG alelami byly klonovány a následně sekvenovány. Z 31 sekvencí získaných z rozdílných SLG klonů byl odvozen fylogenetický strom. Tři hlavní skupiny SLG sekvencí zřejmě mají rozdílnou alelickou specifitu. Dvě skupiny, zahrnující většinu autoinkompatibilních linií a odrůd jsou nejspíše 2 S-alely běžné u rodu Brassica napus. Tyto výsledky byly porovnány s databází NCBI u různých druhů Brasica napus a také u druhů Raphanus sativus. Po vyhodnocení všech těchto údajů clusterovou analýzou byl vytvořen fylogenetický strom, který ukazuje na velké rozdíly mezi třídami genů SLG, ale na nepatrné rozdíly mezi různými druhy Brassica. Self-inkompatibility (SI) is a system how to prevent self-pollinaton in population and enable gene-flow and diversification. SI determines one polymorphic locus S-locus which contains several genes responsible for SI reaction. One of genes lying on the S-locus is the SLG gene and according sequence similarity SLGs are devided into two groups. First group is considered to be domminant and the second recessive. Incompatible lines and five cultivars of Brassica napus, different SLG alleles were cloned and sequenced. Thirty-one sequences of different SLG clones were obtained and phylogenetic tree deduced.Three main groups of SLG sequences are obvious and it seems to have different allelic specificity. Two groups included majority of sequences from SI lines and cultivars suggest two S-alleles very common in Brassica napus. These results were compared with NBCI with different species of Brassica and also with Raphanus sapivus. After cluster analysis assessment was phylogenetic tree created, witch shows a great differences between different SLG classes, but slight differences between Brassica species.
Keywords: Brassica napus; NCBI ( National Center for Biotechnology Information).; S-locus; SI (self-incompatibility); SLG (S-locus glycoprotein gene); AI(autoinkompatibilita); Brassica napus; NCBI (Národní centrum pro biotechnologické informace).; S-lokus; SLG (S-lokus glykoprotein gen)
Citation: ŽALUDOVÁ, Václava. Distribuce S-alel u rodu Brassica. České Budějovice, 2008. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/10867

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-513327


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses