Original title: Hledání guaninových kvadruplexů v DNA pomocí rozhodovacích stromů
Translated title: Finding guanine quadruplexes in DNA using decision trees
Authors: Kotrys, Kryštof ; Šťastný, Jiří (referee) ; Kaura, Patrik (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zaměřuje na vytvoření funkčního modelu rozhodovacího stromu pro detekci guaninových kvadruplexů v DNA. První část práce se věnuje shrnutí poznatků z oblasti lokálních struktur DNA, výpočetní predikce guaninových kvadruplexů a teorie rozhodovacích stromů. Druhá část práce se zabývá tvorbou modelu rozhodovacího stromu pro detekci kvadruplexů a následně statistickým porovnáním výsledků této metody s algoritmem G4Hunter. This bachelor’s thesis is focused on creating a functional decision tree model for detection of guanine quadruplexes in the DNA. The first part of the thesis summarizes theoretical knowledge in the fields of local DNA structures, computational prediction methods of guanine quadruplexes and decision trees. The second part describes the creation of a decision tree model, followed by a statistical comparison of the results with the G4Hunter algorithm.
Keywords: Decision tree; DNA; G4Hunter; guanine quadruplex; nucleobase; Python; XGBoost; DNA; G4Hunter; guaninový kvadruplex; nukleová báze; Python; Rozhodovací strom; XGBoost

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/205885

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-503459


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses