Original title: Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Translated title: Transcription motif finding in non-model organisms
Authors: Helešicová, Klára ; Jurečková, Kateřina (referee) ; Musilová, Jana (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME. This bachelor thesis deals with the search for DNA motifs in non-model organisms. The first part explains the process of transcription, the concept of mutual information and an algorithm using mutual information. The second part describes the distribution of motif searching methods and examples of algorithms. The third part contains an overview of transcription motif databases. The practical part contains a description of the creation of a dataset for a non-model organism, a description of the proposed algorithm and its testing on the dataset. Then, the results of the proposed algorithm were compared with the results of FIRE and MEME algorithms.
Keywords: algorithm; DNA; DNA motif; mutual information; non-model organism; algoritmus; DNA; nemodelový organismus; transkripční motiv; vzájemná informace

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/205760

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-503334


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses