Original title: Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem
Translated title: Properties of current signals in nanopore sequencing
Authors: Plocková, Veronika ; Nykrýnová, Markéta (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Technologie Oxford Nanopore přinesly novou a revoluční technologii v oblasti sekvenování DNA. Jejich sekvenační zařízení měří změny elektrického proudu protékajícího póry spolu s DNA. Tato práce si klade za cíl popsat rozdíly mezi nezpracovanými signály produkovanými různými sekvenačními soupravami a průtokovými komůrkami při sekvenování několika různých bakterií. K analýze různých statistických parametrů, které by byly vhodné pro popis signálů získaných z nanopórů, byly použity dva soubory dat kombinující pět různých organismů, dva sekvenační kity a dva typy průtokových kyvet. Následně byly vzorky klasifikovány pomocí algoritmu k-means a výsledky byly diskutovány. Oxford Nanopore technologies brought new and revolutionary technology in the field of DNA sequencing. Their sequencing device measures changes in the electric current flowing through pores together with DNA. This work aims to describe differences between raw signals produced by various sequencing kits and sequencing flowcells while sequencing several different bacteria. Two datasets combining five different organisms, two sequencing kits, and two types of flowcells were used to analyze various statistical parameters that would be suitable for the description of current signals gathered from nanopores. Finally, the samples were classified using the k-means algorithm and the results were discussed.
Keywords: Current signals; k-means.; Oxford Nanopore Technologies; phylogenetic analysis; sequencing; statistical parameters; fylogenetická analýza; k-means; Oxford Nanopore Technologies; Proudové signály; sekvenování; statistické parametry

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/205748

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-503322


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses