Original title: Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Translated title: Operon structures inference in genome-wide analysis
Authors: Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (referee) ; Schwarzerová, Jana (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje. The bachelor thesis is devoted to the problem of derivation of operon structures and creation of a software tool that allows prediction of operon structures. The tool both predicts operons based on gene expression information, but also refines already predicted operons with gene expression information. The tool is tested on the bacteria Escherichia coli BW25113 and Clostridium beijerinckii NRRL B-598. The theoretical part is devoted to description of operon structure and function, genome sequencing, transcriptome analysis, Clostridium beijerinckii NRRL B-598, Escherichia coli BW25113 and already available online tools for inferring operon structures. In the practical part of the thesis, the pre-processing of raw transcriptomic data to obtain a suitable format for the prediction of operon structures, testing of online tools and the actual implementation of the tool itself are discussed.
Keywords: Clostridium beijerinckii NRRL B-598; Escherichia coli BW25113; Gene expression; Genome; Operon; Transcriptome; Clostridium beijerinckii NRRL B-598; Escherichia coli BW25113; Genom; Genová exprese; Operon; Transkriptom

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/205745

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-503319


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses