Original title: Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME
Translated title: Development of workflow for quality control of mass spectrometry data in KNIME environment
Authors: Schneiderová, Anna ; Zezula, Nikodém (referee) ; Potěšil,, David (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2022
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Proteomický experiment s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie je velmi komplexní technika s celou řadou proměnných, které mohou ovlivnit kvalitu výstupních dat. Průběžná kontrola kvality výstupních dat a stavu používané instrumentace je proto klíčová pro získání kvalitních dat. Pro systematickou a automatizovanou kontrolu kvality dat bylo navrženo workflow, které bylo následně implementováno v prostředí KNIME. Workflow umožňuje získat a zaznamenat vybrané metriky pro kontrolu kvality, které je možné využít ke sledování variability v datech a zachytit počínající technické problémy systému. Proteomic experiment using liquid chromatography and mass spectrometry is a complex technique with multiple variables that can affect the quality of output data. Data quality control and instrument status monitoring are therefore essential for high quality data acquisition. Designed workflow, implemented within the KNIME environment, allows systematic and automatic data quality control. The workflow allows to obtain and record selected quality control metrics which could be used to ascertain data variability and prevent technical problems.
Keywords: KNIME; mass spectrometry; OpenMS; peptide identification; peptide quantification; protein identification; protein quantification; proteomics; Python; quality control; SQLite; hmotnostní spektrometrie; identifikace peptidů; identifikace proteinů; KNIME; kontrola kvality; kvantifikace peptidů; kvantifikace proteinů; OpenMS; proteomika; Python; SQLite

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/204922

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-502212


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses