Original title: Sekvenční analýza genomů viru KE, kmen Hypr, v různých pasážích v hostiteli \kur{in vivo}.
Translated title: Complete genome sequence analysis of TBE virus, strain Hypr, in different passages in host \kur{in vivo}.
Authors: ŠIMONOVÁ, Zuzana
Document type: Bachelor's theses
Year: 2008
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Srovnávala jsem genomové sekvence tří variant klíšťové encefalitidy, kmene Hypr. Konkrétně to byly: Hypr5 - pětkrát pasážovaný virus na mozcích sajících myšek, Hypr50/V - varianty vysocepasážovaná v laboratoři ve Vídni in vivo a Hypr50/CB - vysocepasážovaná varianta v laboratoři v Českých Budějovicích in vivo. Obě vysoce pasážované varianty byly také pasážované v mozcích myší. Zaměřila jsem se na změny nukletidových sekvencí ve vysocepasážovaných variantách Hypr50/CB a Hypr50/V v porovnání s variantou Hypr5 a z nich vyplývající změny aminokyselinových sekvencí ve virových proteinech. Zaznamenala jsem několik změn identických pro obě vysocepasážované varianty a to v proteinech E, NS3 a NS5 a několik unikátních změn jen v jedné z variant v proteinech E, NS1, NS2A, NS2B a NS3. Nukleotidová substituce byla taktéž nalezena v 5'UTR oblasti virového genomu. I have compared genomic sequences of three variants of tick-borne encephalitis virus, strain Hypr. The variants used were Hypr5 {--} virus passaged five times in suckling mice brains, Hypr50/V {--} a variant highly passaged in vivo in Vienna, and Hypr50/CB {--} a variant highly passaged in vivo in České Budějovice. Both high-passage variants were passaged in suckling mouse brains as well. I was interested in changes in nucleotide sequence of genomes of high-passage variants Hypr50/V and Hypr50/CB compared with Hypr5 and also consequential changes in amino-acid sequences of viral proteins. I have found several identical changes in amino-acid sequences of E protein, NS3 and NS5 proteins in both high-passage variants and also a number of substitutions unique to one of the variants in proteins E, NS1, NS2A, NS2B, and NS3. A nucleotide substitution was found also in 5{\crq}UTR of the viral genome.
Keywords: amino-acid sequence; change in nucleotide sequence; highly passaged variant; passage; strain Hypr; tick-borne encephalitis virus; aminokyselinová sekvence; klíšťová encefalitida; kmen Hypr; nukleotidová sekvence; pasážování; vysocepasážované varianty; změny v proteinech
Citation: ŠIMONOVÁ, Zuzana. Sekvenční analýza genomů viru KE, kmen Hypr, v různých pasážích v hostiteli \kur{in vivo}.. České Budějovice, 2008. bakalářská práce (Bc.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/9745

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-48916


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses