Original title: Využití metody predikce protein-protein interakčních míst pro detekci falešných krystalografických kontaktů
Translated title: Identification of crystal packing contacts using a method for detection of protein-protein interaction sites
Authors: Mitková, Natália ; Hoksza, David (advisor) ; Jakubec, Dávid (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2022
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Jedným zo zásadných problémov pri získavaní kvartérnej štruktúry proteínov je rozlíšenie biologických kontaktov od falošných rozhraní, ktoré sú artefaktom kryštalizácie proteínu predchádzajúcej samotnému určeniu terciárnej a kvartérnej štruktúry. Získanie znalostí o interakcii proteínov v 3D priestore je kľúčové pre pochopenie ich funkcií a ponúka sa možnosť tieto znalosti využiť pri analýze vplyvu inhibítorov, návrhu liekov, imunoterapii alebo návrhu nových proteínov. Taktiež je táto informácia nevyhnutnou požiadavkou pri aplikácii in silico prístupov. Bakalárska práca je rozdelená na dve časti. V prvej časti sa nachádza rešerš existujúcich metód riešiacich problém detekcie kryštalografických kontaktov spoločne s príslušnými datasetmi pre objektívne vyhodnotenie schopností riešiť túto problematiku. Druhá praktická časť je zameraná na porovnanie vyhodnotenia schopností už skôr vyvinutej metódy na rozlíšenie proteín-proteín interakčných miest INSPiRE a klasifikátora EPPIC. Kľúčové slová: bioinformatika, kryštalografický kontakt, kryštalizácia, proteínová štruktúra, proteín-proteín interakcia One of the fundamental issues when obtaining the protein quaternary structures is to be able distinguish biological interfaces from crystal packing contacts. The existence of these false contacts is the consequence of the crystallographic method which is used for obtaining the tertiary and quaternary structure. Gaining knowledge of how proteins interact in 3D space is key to understanding their functions and offers the opportunity to apply the knowledge to inhibitor impact analysis, drug design, immunotherapy, or de novo protein design. Furthermore, this knowledge is an essential requirement when applying in silico approaches. The bachelor thesis is divided into two parts. The first part contains literature retrieval of existing methods addressing the problem of crystallographic contact detection together with relevant datasets for an objective evaluation. The second practical part is focused on the comparison of evaluations of the previously developed method for the protein-protein interface prediction, INSPiRE, and the EPPIC classifier. Key words: bioinformatics, crystal packing contact, crystallography, protein structure, protein- protein interactions
Keywords: bioinformatics; protein structure; protein-protein interactions; bioinformatika; protein-protein interakce; proteinová struktura

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/171799

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-456535


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses