Original title: Role coilinu při kontrole kvality snRNP částic
Translated title: The role of coilin in snRNP quality control
Authors: Kuzmenko, Darya ; Staněk, David (advisor) ; Abrhámová, Kateřina (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2022
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Mammalian genes are transcribed as precursors - pre-mRNA. They contain coding sequences (exons) and non-coding sequences (introns). Splicing, a process of cutting out introns and joining exons to generate mature mRNA, is carried out by a spliceosome. The spliceosome consists of five small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) particles and numerous associated proteins. Its assembly is a complex process involving a specific nuclear sub-compartment, the Cajal body (CB). Here, we investigate function of the CB scaffold protein, coilin, in snRNP quality control in HeLa cells. Sequestration of immature snRNP in coilin-deficient cells is analysed by fluorescence in situ hybridisation. We show that without coilin the cells are unable to sequester them. Next, we provide evidence that absence of coilin does not sensitise HeLa cells for perturbation in snRNP maturation in terms of cell proliferation. Moreover, coilin deficiency does not result in significant changes in U4, U5 or U6 snRNA steady state levels. Therefore, coilin, and, in this way, Cajal bodies do not become essential under the conditions of strained snRNP biogenesis. Savčí geny jsou transkribovány ve formě prekurzorů - pre-mRNA. Obsahují kódující sekvence (exony) a nekódující sekvence (introny). Sestřih, proces odstranění intronů a spojení exonů za účelem vytvoření zralé mRNA, se provádí pomocí spliceosomu. Spliceosom se skládá z pěti malých jaderných ribonukleoproteinových (snRNP) částic a četných asociovaných proteinů. Jeho skládání je složitým procesem, kterého se účastní specifický jaderný subkompartment, Cajalovo tělísko (CB). V této práci zkoumáme funkci CB scaffoldového proteinu, coilinu, při kontrole kvality snRNP v HeLa buňkách. Sekvestrace nehotových snRNP částic v buňkách bez coilinu je analyzována pomocí fluorescenční in situ hybridizace. Ukazujeme, že buňky bez coilinu nejsou schopny nehotové snRNP částice zachytit. Dále, poskytujeme důkazy, že nepřítomnost coilinu nezvyšuje citlivost HeLa buněk vůči defektům ve zrání snRNP částic z hlediska buněčné proliferace. Navíc, nedostatek coilinu nevede k významným změnám hladin U4, U5 nebo U6 snRNA. Proto se coilin, a tudíž ani Cajalova tělíska, nestávají nezbytnými v podmínkách defektní biogeneze snRNP částic.
Keywords: coilin knockout; incomplete snRNP particles; PRPF6; spliceosomal assembly; coilinový knockout; nehotové snRNP částice; PRPF6; skládání sestřihového komplexu

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/171814

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-456412


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses