Original title: Objasňování příčin neurogenetických onemocnění analýzou dat z MPS pomocí moderních algoritmů
Translated title: The elucidation of the causes of neurogenetic diseases by the MPS data analysis using advanced algorithms
Authors: Staněk, David ; Laššuthová, Petra (advisor) ; Halbhuber, Zbyněk (referee) ; Kemlink, David (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2020
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
7 Souhrn V rámci disertační práce "Objasňování příčin neurogenetických onemocnění ana- lýzou dat z MPS pomocí moderních algoritmů" jsme zpracovávali MPS data sek- venovaná pomocí panelu genů, celoexomového (WES) a celogenomového (WGS) sekvenování. Sekvenování panelem genů Při sekvenování pomocí panelu genů jsme využívali na našem pracovišti navržený panel genů, které jsou asociovány s onemocněním. Obecnou podmínkou pro zařazení genu do panelu jsou minimálně dvě nezávislé publikace asociující gen s onemocněním a nebo alespoň jedna publikace popisu- jící kauzální varianty v genu ve dvou nebo více nepříbuzných pacientech. Těmto kritériím v případě panelu pro epileptickou encefalopatii (EE) vyhovovalo t.č. 112 genů. Sekvenování pomocí panelu genů bylo provedeno u 257 pacientů s epileptickou encefalopatií. Patogenní či pravděpodobně patogenní variantu jsme nalezli u 28 % případů (72 z 257 pacientů). U patogenních a pravděpodobně patogenních 76 variant jsme provedli další ana- lýzu variant - rozdělili jsme varianty dle genů do skupin dle dědičnosti a dle původu varianty na de novo, zděděné a s neznámým původem. Ze 112 genů v panelu jsme nalezli patogenní nebo pravděpodobně patogenní variantu ve 33 genech, z nich se nejčastěji jednalo o geny s autozomálně dominantní dědičností (50 variant ve 22 genech). Dle... 8 Summary The thesis "The elucidation of the causes of neurogenetic diseases by the MPS data analysis using advanced algorithms" is focused on processing the massively parallel sequencing (MPS) data from a gene panel, whole-exome sequencing (WES) and whole-genome sequencing (WGS). The aim of the study was to develop a suitable pipeline to evaluate at least 250 MPS gene panel data, 150 WES data and 20 WGS data in order to improve molecular genetic testing of rare neurogenetic disorders. Associated data management and database implementation is also described. Targeted gene panel sequencing A custom-designed gene panel consisting of ge- nes previously associated with the disease was used. In the Epileptic Encephalopathy (EE) panel, two prerequisites need to be met for inclusion into the panel: the gene has to have been published in at least two independent publications OR at least in one publication but in multiple independent families. In the case of the EE panel, 112 genes were included. The targeted gene panel sequencing was then performed on 257 patients with EE. Pathogenic or likely pathogenic (according to ACMG criteria) variants have been found in 28% of patients (72 out of 257). Further analysis of the pathogenic or likely pathogenic variants was performed (76 in total); the variants were grouped by...
Keywords: Bioinformatics; Massive parallel sequencing (MPS); Neurogenetic diseases; Next-generation sequencing (NGS),Whole-exome sequencing (WES); Bioinformatika; Celoexomové sekvenování (WES); Masivně paralelní sekvenování (MPS); Neurogenetická onemocnění; Sekvenování nové generace (NGS)

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/151338

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-453178


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses