Original title: Studium využití uracil-DNA glykosylasy s cílem zamezit kontaminací testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí
Translated title: The utilization of the uracil-DNA glycosylase in the elimination of carry-over contamination by products of the previous DNA amplifications
Authors: Zrnová, Adéla ; Martínková, Markéta (advisor) ; Prošková, Veronika (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Amplifikace DNA je velmi důležitý nástroj diagnostiky infekčních nemocí. Nejběžněji používanou metodou v laboratořích je polymerázová řetězová reakce, která však nesplňuje potřebu rychlé a vybavením nenáročné metody. Bylo tedy nutné vyvinout metodu, která bude citlivá, rychlá, specifická a dostupná i například pro rozvojové země s omezeným přístupem k přístrojovému vybavení. Zdá se, že touto metodou by mohla být LAMP. Metoda LAMP se bohužel setkává se značnou falešnou pozitivitou, které je třeba zabránit, aby ji bylo možné využít v praxi. Předmětem předkládané bakalářské práce je zavedení unikátní LAMP metody detekce přítomnosti DNA Streptococcus pneumoniae a dále studium využití uracil-DNA glykosylasy k zamezení kontaminace vzorků pomocí DNA vzniklé v předchozích amplifikačních reakcích. LAMP metoda detekce DNA Streptococcus pneumoniae byla úspěšně zavedena, poté byla metoda optimalizována i v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu. Po zjištění vhodné koncentrace deoxyuridintrifosfátu pro LAMP amplifikaci, byly takto vzniklé produkty amplifikace DNA Streptococcus pneumoniae ošetřeny pomocí uracil-DNA glykosylasy. Bylo prokázáno, že tento postup má potenciál zamezit falešné pozitivitě dalších amplifikačních reakcí pro detekci DNA Streptococcus pneumoniae v laboratoři. Klíčová slova: polymerázová... DNA amplification is an important tool in diagnosis of infectious diseases. The most commonly used method in laboratories is the polymerase chain reaction, which, does not meet the need for a fast and inexpensive method. It was therefore necessary to develop a method that would be sensitive, fast, specific and accessible, for example, in developing countries with limited access to instrumentation. It appears that LAMP could be this method. Unfortunately, the LAMP method encounters considerable false positivity, which must be prevented in order to be used in practice. The subject of the presented bachelor thesis is the introduction of a unique LAMP method to detect the presence of DNA Streptococcus pneumoniae and the study of the use of uracil- DNA glycosylase to prevent contamination of samples with DNA formed in previous amplification reactions. The LAMP method of DNA detection Streptococcus pneumoniae was successfully introduced, then the method was optimized even in the presence of deoxyuridine triphosphate. After determining the appropriate deoxyuridine triphosphate concentration for LAMP amplification, the resulting Streptococcus pneumoniae DNA amplification products were treated with uracil-DNA glycosylase. This procedure was shown to have the potential to prevent false positivity of other...
Keywords: carry-over contamination; DNA amplification; isothermal loop mediated DNA amplification (LAMP); polymerase chain reaction (PCR); uracil-DNA glycosylase; amplifikace DNA; izotermická amplifikace DNA pomocí smyček (LAMP); kontaminace vzorků; polymerázová řetězová reakce (PCR); uracil-DNA glykosylasa

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/151056

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-451695


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses