Original title: Aplikace teorie grafů v predikci funkce proteinů
Translated title: Applications of graph theory in protein function prediction
Authors: Kalábová, Nikola ; Hartman, David (advisor) ; Kratochvíl, Miroslav (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
The rapid development of the whole-genome sequencing methods and their reducing cost resulted in a huge number of sequenced genomes. Developing reliable methods for in- silico annotation of the expeditiously growing number of sequenced genomes is the next challenge of modern biology. We described a graph-theoretical approach for function prediction from the protein-protein interaction networks and outlined its strengths and weaknesses. We illustrate the principles of this approach on selected algorithms based on different ideas and provide their comparison and evaluation. 1 Rapidní vývoj celogenomových sekvenačních metod a jejich snižující se cena za- příčinila existenci velkého množství osekvenovaných genomů. Vývoj spolehlivých in-silico metod pro anotaci rychle rostoucího počtu osekvenovaných genomů představuje výzvu pro moderní biologii. V práci představujeme způsob predikce funkce proteinů, založený na aplikaci teorie grafů v protein-protein interakčních sítích a identifikujeme jeho silné a slabé stránky. Tento přístup poté ilustrujeme na vybraných algoritmech založených na různých myšlenkách. Představené algoritmy porovnáváme a vyhodnocujeme jejich spolehlivost. 1
Keywords: graph algorithms; graph theory; protein functionprediction; protein-protein interaction networks; protein-protein interactions; grafové algoritmy; predikce funkce proteinů; protein-protein interakce; protein-protein interakční sítě; teorie grafů

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/126528

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-447309


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses