Original title:
Geometrické standardy nukleových kyselin
Translated title:
Nucleic Acid Geometry Standards
Authors:
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (advisor) ; Dohnálek, Jan (referee) Document type: Bachelor's theses
Year:
2021
Language:
eng Abstract:
[eng][cze] IV Abstract Nucleic acids (NA) are biochemical macromolecular substances essential for all living organisms - their function is to store genetic information and control the process of protein biosynthesis. Nucleic acids are composed of polynucleotide chains. According to the composition of these, we distinguish two basic types of nucleic acids: DNA (Deoxyribonucleic Acid) and RNA (Ribonucleic Acid). Based on the internal nucleotide sequence and external interactions, these chains are formed into different spatial conformations. At the dinucleotide level, these conformations are described and classified by so-called classes of dinucleotide conformers - NtC. The X-ray crystallography method has been used for over 50 years to reveal the three- dimensional structures of biological macromolecules. The principle of this is the interaction of X-rays with the electron cloud of atoms in the crystal. Atomic positions are then determined based on the calculated electron density. However, with the resolution available for most macromolecular crystals, these crystallographic data are not sufficient to derive a chemically acceptable structure, so stereochemical restraints apply. Stereochemical restraints are dictionaries describing specific bond lengths, bond angles, torsion angles, planes, and chirality. Using these...V Abstrakt Nukleové kyseliny (NA) jsou biochemické makromolekulární látky, nezbytné pro všechny živé organismy - jejich funkcí je uchovávání genetické informace a řízení procesů syntézy bílkovin. Nukleové kyseliny jsou složené z polynukleotidových řetězců a podle složení těchto nukleotidů rozlišujeme dva základní druhy nukleových kyselin: DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Na základě vnitřní nukleotidové sekvence, a i vlivem vnějších interakcí se tyto řetězce formují do různých prostorových konformací. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popisovány a klasifikovány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro odhalení trojdimenzionálních struktur biologických makromolekul se již přes 50 let používá především metoda rentgenové krystalografie. Principem této metody je interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Na základě elektronové hustoty se poté určují atomové pozice. Při rozlišení dostupném u většiny makromolekulárních krystalů však nejsou tyto krystalografická data dostatečná k tomu, aby bylo možné odvodit chemicky přijatelnou strukturu, proto se používají stereochemická omezení. Stereochemické standardy jsou slovníky popisující konkrétní délky vazeb, úhly vazeb, torzní úhly, roviny a chiralitu. Pomocí těchto hodnot se zdokonalují a...
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/126503
guest ::
