Original title: Nástroj pro vizualizaci mikrobiomových dat
Translated title: Tool for Visualization of Microbiome Data
Authors: Mišáková, Silvia ; Martínek, Tomáš (referee) ; Smatana, Stanislav (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Táto práca sa zameriava na vytvorenie nového nástroja pre vizualizáciu mikrobiomových dát. Vytvorený nástroj používa pre redukciu dimenzií analýzu hlavných komponent (PCA) a analýzu hlavných súradníc (PCoA). V prípade výpočtu dištančnej matice sú použité metriky Bray-Curtis odlišnosť a UniFrac. Spracované dáta sú následne ofarbené na základe užívateľom zvolených metadát. Výsledky sú prezentované pomocou dvoch typov grafov. Prvý z nich je stĺpcový a zobrazuje podiel každej hlavnej zložky. Druhý, bodový graf, vizualizuje konečný výsledok požadovanej analýzy. V rámci práce bola pridaná možnosť stiahnuť si vypočítanú maticu a taktiež tabuľku prvých N hlavných zložiek vypočítaných danou analýzou. This Bachelor's thesis focuses on the development of a new tool for the visualization of microbiome data. The developed tool uses Principal Component Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA) for dimension reduction. Bray-Curtis difference and UniFrac distance metric are used for distance matrix calculation. Then, the processed data is colored based on user-selected metadata. The results are presented by two types of graphs. The first is a bar chart and shows the proportion of each principal component. The second, scatter chart, visualize the final result of the required analysis. As part of the development of the tool, the possibility to download the calculated matrix and also a table of the first N main components calculated by the analysis were added.
Keywords: 16S rRNA; bioinformatika; Bray-Curtis odlišnosť; dištančná matica; DNA; Emperor; fylogenetický strom; metagenomika; mikrobiota; mikrobióm; PCA; PCoA; RNA; Tensorflow Embedding Projector; UniFrac; vizualizácia; 16S rRNA; Bioinformatics; Bray-Curtis dissimilarity; Distance matrix; DNA; Emperor; Meta-genomics; Microbiome; Microbiota; PCA; PCoA; Phylogenetic tree; RNA; Tensorflow Embedding Projector; UniFrac; visualization

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/199294

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-444690


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses