Original title: Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Translated title: Detection of chimeras in amplicon sequencing
Authors: Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně. Chimeric sequences are the most common artifacts that can occur in sequencing data after the sample amplification using the polymerase chain reaction. The presence of these artifacts can negatively affect results of the analysis. Therefore, the detection and subsequent filtration of chimeric sequences is an important step in the computational processing of sequencing data. This work deals with the principle of chimera formation and the possibility of reducing their occurrence. The aim of this work is to implement an algorithm for chimeras detection in R language and testing its accuracy on data provided by the Veterinary Research Institute in Brno.
Keywords: metagenomics; next-generation sequencing; Operational taxonomic unit; polymerase chain reaction; metagenomika; next-generation sekvenování; Operační taxonomická jednotka; polymerázová řetězová reakce

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/198490

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-443903


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses