Název:
Optimalizace některých parametrů izolace DNA z historického kosterního materiálu
Překlad názvu:
Optimalization of some parameters DNA isolation from ancient skeletal remains
Autoři:
Eliášová, Irena Typ dokumentu: Rigorózní práce
Rok:
2009
Jazyk:
cze
Abstrakt: [cze][eng] Analýza DNA z kosterního materiálu je dnes významným doplňkem antropologických metod, především v případech, kde podle antropologických znaků kosterních ostatků není možné získat požadovanou informaci. Problematikou získávání DNA ze starých a recentních pozůstatků se zabývá mnoho studií a shodují se v tom, že nejobtížnější fází v DNA analýze kosterních materiálu je jeho počáteční zpracování a výběr vhodného postupu pro izolaci DNA. Z tohoto důvodu byly pro tuto práci vybrány čtyři různé izolační postupy (fenol- chloroformová extrakce, metoda založená na adsorpci na silikát - QIAamp DNA Mini kit a DNA IQ System, extrakce s adsorpcí na Dextran Blue), jejichž některé parametry byly optimalizovány pro co největší výtěžnost DNA. Srovnáním kvantifikace vybraných izolačních metod provedené na recentním kosterním materiálu vyšla nejlépe fenol-chloroformová extrakce. Její protokol byl ještě obohacen o činidlo PTB (N-phenylacylthiazolum bromide) a použit na kosterní soubor jedenácti jedinců z pohřebiště Kněževes u Prahy. Dále bylo determinováno pohlaví, amplifikací části genu pro amelogenin, a určeny genetické profily jedinců pomocí STR (Short Tandem Repeat) analýzy. Porovnáním genetických profilů byly detekovány pravděpodobné příbuzenské vztahy mezi jedinci. U tří individuí patřících do skupiny infant...DNA analysis from skeletal materials is significant supplement of the anthropological methods nowadays, especially in cases, where is not possible to obtain required information pursuant to anthropological characteristics of skeletal remains. Many studies dealing with DNA extraction from ancient and recent bones concurred in fact that the most difficult phase in DNA analysis of skeletal materials is its initial manipulation and selection of suitable procedure for DNA isolation. For this thesis, four different isolating techniques (phenol- chloroform extraction, procedure based on silica adsorption - QIAamp DNA Mini kit a DNA IQ System, extraction with Dextran Blue adsorption) were chosen and their parameters were optimized for maximal DNA yield. At comparing the quantification of selected isolating methods performed on recent skeletal materials, the phenol-chloroform extraction resulted as acceptable. This protocol enhanced by PTB (N-phenylacylthiazolum bromide) reagent was used on the skeletal set of eleven specimens from settlement Kněževes near Prague. Further, sex assessment was carried out by the part of amelogenin gene amplification and genetic profiles determined by STR (Short Tandem Repeat) analysis. Probable relationships were estimated on the basic of comparison of genetic profiles among...