Original title: Genomická analýza Paenibacillus larvae ve vztahu k jeho virulenci
Translated title: Genomic analysis of Paenibacillus larvae and its relation to virulence
Authors: Vlková, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (advisor) ; Fišer, Radovan (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2020
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Paenibacillus larvae je grampozitivní sporulující bakterie, která je původcem moru včelího plodu. Jedná se o jednoho z nejvýznamnějších bakteriálních patogenů včely medonosné (Apis mellifera). Spory P. larvae jsou vysoce infekční pro včelí larvu a odolávají fyzikálně-chemickým vlivům. P. larvae se subtypizuje za využití repPCR s ERIC primery (Enterobacterial Repetitive Integrance Consensus). Dosud bylo popsáno 5 genotypů ERIC I-V, které se liší morfologií kolonií, metabolismem a především virulencí. Rovněž je mezi jednotlivými izoláty P. larvae významná genetická variabilita, která se může podílet na rozdílech ve virulenci. Izoláty P. larvae použité v této práci byly získány z klinických případů moru včelího plodu z celé České republiky ve spolupráci s Výzkumným ústavem včelařským, s.r.o., Dol. Jednalo se o bakteriální kultury získané kultivací infikovaných larev a měli. Také byly použity izoláty z měli získané ze včelstev bez klinických příznaků moru včelího plodu. Metodou SMRT (Single Molecule Real Time) na platformě Sequel (PacBio) byly sekvenovány virulentní i pravděpodobně avirulentní izoláty. Použitá metoda je vhodná pro celogenomové sekvenování bakteriálních genomů, protože umožňuje sekvenování dlouhých úseků DNA s vysokou přesností. Tím je eliminován efekt velkého množství repetitivních... Paenibacillus larvae is a Gram-positive sporulating bacterium that causes American foulbrood (AFB). It is one of the most dangerous bacterial pathogens of the honeybee (Apis mellifera). P. larvae spores are highly infectious to bee larvae and resist physicochemical influences. P. larvae is subtyped using repPCR with ERIC primers (Enterobacterial Repetitive Integrance Consensus) into five genotypes (ERIC I-V), which possess different colony morphology, metabolism and especially virulence. There is a significant genetic variability among isolates of P. larvae, which may contribute to differences in virulence. P. larvae isolates used in this work were obtained from clinical cases of American foulbrood as well as from a debris collected from bee hives with no American foulbrood symptoms from all over the Czech Republic in cooperation with the Beekeeping Research Institute, s.r.o., Dol. The isolates were obtained from larvae and hive debris. Both virulet and avirulet strains were sequenced using the SMRT (single molecule real time) method on the Sequel platform (PacBio). This method is suitable for Whole Genome Sequencing (WGS), because it allows sequencing of long reads with high accuracy, eliminating the effect of a large number of repetitive sequences during the genome assembly. Furthermore,...
Keywords: American foulbrood; Paenibacillus larvae; virulence; Whole Genom Sequencing; celogenomová sekvenace; mor včelího plodu; Paenibacillus larvae; virulence

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/119702

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-433981


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses