Original title:
Nový polymorfizmus genu apolipoprotein A2 a jeho asociace s obsahem mastných kyselin u prasat
Authors:
Sukhov, Oleg Document type: Master’s theses
Year:
2018
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] V diplomové prací byla probírána problematika nových polymorfizmů genu APOA2 a jeho asociace s obsahem mastných kyselin u prasat plemene České bílé ušlechtilé. Gen APOA2 (ID: 100153243) je kandidátním genem pro kvalitu vepřového masa. Cílem diplomové práce bylo analyzovat vliv jednotlivých polymorfizmů na obsah mastných kyselin a intramuskulárního tuku. Mezi mastnými kyselinami byl pozorován obsah: kys. myristolejové, kys. palmitové, kys. palmitolejové, kys. stearové, kys. olejové, kys. linolové, kys. linolenové, kys. arachidonové, kys. arachové a kys. eicosapentaenové (EPA). Byly použité molekulárně-genetické metody jako designování primerů pomocí programu OLIGO, PCR, gelová elektroforéza a sekvenování Sangerovou metodou. Výsledky byly zpracovány formou frekvencí genotypů a následně byly provedeny asociační analýzy smíšeným lineárním modelem. Hodnoty relativních frekvencí alel polymorfizmu APOA2 T>A rs80803879 byly: A = 0,086, T = 0,914 a relativní frekvence alel APOA2 G>A rs331415849: A = 0,068 a G = 0,948. Asociace byly zjištěny pro mastné kyseliny: kys. myristolejovou, kys. palmitolejovou, kys. olejovou, kys. arachidonovou a kys. arachovou.This thesis studies the problematic of the new polymorphism APOA2 gene and that association with fatty acids contain in a group of Czech Large White pigs. APOA2 gene (ID: 100153243) is a candidate gene for porcine meat quality. The aim of thesis was to analyze the influence of selected polymorphisms on fatty acids and intramuscular fat contain. Among fatty acids was observed a contain of: tetradecenoic acid, palmitic acid, palmitoleic acid, stearic acid, oleic acid, linoleic acid, linolenic acid, arachidonic acid, arachidic acid a eicosapentaenoic acid (EPA). Have been used molecular-genetic methods such as primers design in the OLIGO software, PCR, gel electrophoresis a sequencing by Sanger method. The results were processed by form of genotype frequency and followed by associative analysis with a mixed linear model. The values of the relative alleles frequency of polymorphism APOA2 T>A rs80803879 were as follows: A = 0,086, T = 0,914 and relative alleles frequency of APOA2 G>A rs331415849: A = 0,068 a G = 0,948. Polymorphism associations were found for fatty acids: myristoleic acid, acid palmitoleic acid, oleic acid, arachidonic acid, and arachidic acid.
Keywords:
APOA2 gen; HDL; mastné kyseliny; SNP; SSC4; triacylglyceroly