Original title: Using Matlab in quantitative analysis of yeast growth
Translated title: Použití Matlabu pro kvantitativní analýzu růstu kvasinek
Authors: Schier, Jan ; Kovář, Bohumil
Document type: Papers
Conference/Event: Technical Computing Prague 2009, Praha (CZ), 2009-11-19
Year: 2009
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Quantitative growth analysis is used in microbiology, genetics and medical re- search to determine the in uence of the tested substance on the growth of colonies of some organism (we focus on yeast colonies in this paper). Examples of the tested substance include antibiotics, mutagens or medical drugs. To evaluate the experiment, time series of images of the colonies inoculated on Petri dishes are taken by digital camera in a darkroom. Then, relative area and the number of the colonies in each image have to be determined for further statistical processing. In the current laboratory practice, these parameters have often been hand-counted in each image, which is an error-prone process of a limited precision. Also, given the time demands of this hand-counting, the number of snapshots that can reasonably be processed is rather limited. In this paper, we introduce a Matlab-based tool for semi-automated processing of the dish images. Kvantitativní analýza růstu se používá v mikrobiologii, genetice a medicínském výzkumu pro určení vlivu testované látky na růst kolonií určitého organismu (v našem článku se zabýváme koloniemi kvasinek). Jako příklady testované látky lze uvést antibiotika, mutageny, nebo léčiva. Pro vyhodnocení experimentu jsou kolonie, naočkované na Petriho misky, snímány digitální kamerou v temné komoře. Pro každý snímek je poté třeba určit pro následné statistické vyhodnocení relativní plochu porostu a celkový počet kolonií. V současné laboratorní praxi jsou tyto parametry často získávány ručním počítáním, což je proces s omezenou přesností a vysokou chybovostí. Rovněž, s ohledem na časovou náročnost ručního počítání, je omezené množství snímků, které lze rozumně zpracovat. V našem článku popisujeme nástroj pro poloautomatické počítání snímků misek, vytvořený v programovacím jazyku Matlab.
Keywords: image processing; image segmentation; Matlab; Petri dish
Project no.: CEZ:AV0Z10750506 (CEP), 1M0567 (CEP)
Funding provider: GA MŠk
Host item entry: Technical Computing Prague 2009, ISBN 978-80-7080-733-0

Institution: Institute of Information Theory and Automation AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at external website.
External URL: http://library.utia.cas.cz/separaty/2009/ZS/schier-using matlab in quantitative analysis of yeast growth.pdf
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0177438

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-40695


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Information Theory and Automation
Conference materials > Papers