Original title:
Predikce terciární struktury RNA s využitím více vzorů
Translated title:
RNA tertiary structure prediction using multiple templates
Authors:
Galvánek, Rastislav ; Hoksza, David (advisor) ; Jelínek, Jan (referee) Document type: Master’s theses
Year:
2019
Language:
slo Abstract:
[eng][cze] In this thesis we will further develop the algorithm of homologous prediction of tertiary RNA structure. The algorithm was originally created and implemented in my bachelor thesis. We will focus on further automatization of algorithm implementation and we are going to make it easier to use. The user will be able to predict tertiary structure of RNA based only on target structure sequence. The algorithm will be also extended to use multiple template structures for prediction and it will be able to firstly predict the secondary structure of the target molecule. Both of these modifications should lead to more precise prediction by restricting the search space and reducing the size of unconserved regions of the predicted structure.V tejto práci ďalej rozvíjame algoritmus homológnej predikcie terciárnej štruktúry RNA, ktorý bol navrhnutý a naimplementovaný v rámci mojej bakalárskej práce.Venujeme sa väčšej automatizácii implementácie algoritmu a jeho jednoduchšiemu použitiu tak, aby bol schopný predikovať RNA štruktúru molekuly bez manuálnych zásahov, len na základe sekvencie cieľovej štruktúry. Algoritmus ďalej rozširujeme o homológnu predikciu sekundárnej štruktúry a možnosť použitia viacerých template štruktúr, čo by malo viesť k zmenšeniu prehľadávaného priestoru pri predikcii nekonzervovaných úsekov predikovanej štruktúry, a tým zvýšiť celkovú presnosť predikcie.
Keywords:
prediction RNA template comparative modeling; predikcia RNA template komparatívne modelovnie
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/110217