Original title: Akcelerace Burrows-Wheelerovy transformace s využitím GPU
Translated title: Acceleration of Burrows-Wheeler Transform Using GPU
Authors: Zahradníček, Tomáš ; Drábek, Vladimír (referee) ; Šimek, Václav (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2019
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá Burrows-Wheelerovou transformací (BWT) a možnostmi akcelerace této transformace na grafickém procesoru (GPU). Jsou představeny metody komprese založené na BWT. Pro práci s GPU jsou představeny softwarové knihovny CUDA a OpenCL. Jsou implementovány paralelní varianty BWT i následných kroků potřebných ke kompresi, s použitím knihovny CUDA. Je testována míra komprese použitých přístupů a paralelní verze jsou porovnány s jejich sekvenčními implementacemi. This thesis deals with Burrows-Wheeler transform (BWT) and possibilities of acceleration of this transform on graphics processing unit (GPU). Methods of compression based on BWT are introduced, as well as software libraries CUDA and OpenCL for writing programs for GPU. Parallel variants of BWT are implemented, as well as following steps necessary for compression, using CUDA library. Amount of compression of used approaches are tested and parallel versions are compared to their sequential counterparts.
Keywords: acceleration; Burrows-Wheeler transform; BWT; compression; CUDA; GPU; parallel algorithms; akcelerace; Burrows-Wheelerova transformace; BWT; CUDA; GPU; komprese; paralelní algoritmy

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/180390

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-403179


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses