Original title: Detekce bakterií Ralstonia solanacearum patogenních pro rajče, papriku a brambor metodou loop-mediated isothermal amplification
Translated title: Detection of Ralstonia solanacearum bacteria pathogenic for tomato, pepper and potato by loop-mediated isothermal amplification
Authors: STRNAD, Adam
Document type: Bachelor's theses
Year: 2019
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Pro rychlou detekci karanténní bakterie Ralstonia solancearum patogenní pro rajče, brambor a papriku, byla využita metoda LAMP. Na základě analýzy sekvence genu fliC byla in silico navržena sada LAMP primerů s maximální teoretickou specifitou pouze pro Ralstonia solanacearum. Následně byla metoda optimalizována tak, aby byla schopna detekovat pouze bakterii Ralstonia solanacearum a rozlišit ji od ostatních fytopatogenních bakterií napadající brambor, rajče a papriku. Pomocí LAMP lze detekovat bakterii z velice malého množství DNA za dobu menší, než 30 minut v reálném čase. Metoda je schopna amplifikovat DNA o koncentraci 0,00001 ng/?l. Pro specifičtější detekci je však vhodnější koncentrace DNA vyšší. For rapid detection of quarantine bacteria Ralstonia solancearum pathogenic for tomato, potato and papper, the LAMP method was used. Based on the analysis of the fliC gene sequence, a set of LAMP primers was designed to be specific for Ralstonia solanacearum. Subsequently, the method was optimized to detect only Ralstonia solanacearum and to distinguish it from the other phytopathogenic bacteria which infect potato, tomato and pepper. LAMP can detect bacteria from very small amounts of DNA in less than 30 minutes in real time. The method is capable of amplifing DNA at a concentration of 0.00001 ng/?l. However, a higher DNA concentration is more suitable for more specific detection.
Keywords: fliC; LAMP; molekular diagnostic; PCR; primer design; fliC; LAMP; molekulární diagnostika; návrh primerů; PCR
Citation: STRNAD, Adam. Detekce bakterií Ralstonia solanacearum patogenních pro rajče, papriku a brambor metodou loop-mediated isothermal amplification. České Budějovice, 2019. bakalářská práce (Bc.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/53473

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-395162


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses