Original title: Efektivní analýza stochastických biochemických systémů
Translated title: Efficient Analysis of Stochastic Biochemical Systems
Authors: Tušimová, Lucia ; Hruška, Martin (referee) ; Češka, Milan (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2018
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Cieľom tejto práce je zefektívniť výpočet biochemických reakčných sietí. Na modelovanie biochemických systémov pomocou numerických metód sa používajú Markovove reťazce v spojitom čase. Problémom pri biochemických reakciách je vznik nezvládnuteľného množstva stavov. Metóda rýchlej adaptívnej uniformizácie rieši tento problém za cenu malej zaokrúhľovacej chyby. Táto metóda bola implementovaná v nástroji STORM, ktorý slúži na analýzu systémov obsahujúcich pravdepodobnostné javy. Následne bola efektivita tejto metódy overená na sade experimentov. The aim of the thesis is to make computation of the biochemical reaction networks more efficient. Modeling of biochemical systems using numerical methods uses continuous-time Markov chains. The problem is that in biochemical reactions arises an unmanageable amount of states. The fast adaptive uniformization method solves this problem at the cost of a small rounding mistake. This method was implemented in the STORM, which is tool for the analysis of systems involving random or probabilistic phenomena. Consequently, the effectiveness of this method was verified on a set of experiments.
Keywords: Biochemical models; Continuous-time Markov chain; Fast adaptive uniformization; STORM; Biochemické modely; Markovove reťazce v spojitom čase; Rýchla adaptívna uniformizácia; STORM

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/85029

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-386046


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses