Original title: Rekonstrukce repetitivních elementů DNA
Translated title: Reconstruction of Repetitive Elements in DNA
Authors: Hypský, Jan ; Martínek, Tomáš (referee) ; Puterová, Janka (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2018
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus. Eukaryotic genomes contain a large number of repetitive structures. Their detection and assembly today are the main challenges of bioinformatics. This work includes a classification of repetitive DNA and represents an implementation of a novel de novo assembler focusing on searching and constructing LTR retrotransposons and satellite DNA. Assembler accepts on his input short reads (single or pair-end), obtained from next-generation sequencing machines (NGS). This assembler is based on Overlap Layout Consensus approach.
Keywords: de novo assembler; LTR retrotransposons; Overlap Layout Consensus; repeats assembly; repetitive DNA; satellite DNA; short reads; de novo assembler; krátké ready; LTR retrotranspozony; Overlap Layout Consensus; repetitivní DNA; satelitní DNA; sestavení repetic

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/84923

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-385940


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses