Original title: Vývoj a validace nové metodiky pro obohacení a detekci cirkulující nádorové DNA u onkologických pacientů
Translated title: Development and validation of a new method for enrichment and detection of circulating tumor DNA in cancer patients
Authors: Pláničková, Lenka ; Minárik, Marek (advisor) ; Kuthan, Martin (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2017
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Nádorová onemocnění jsou v celosvětovém měřítku jednou z nejčastějších příčin úmrtí, přičemž prognóza je obecně lepší, pokud je onemocnění diagnostikováno a léčeno včas. Protinádorová léčba je postupně posouvána od klasické chemoterapie s omezenou účinností a známými negativními vedlejšími účinky směrem k cílené biologické léčbě, která se používá, jsou-li zjištěny specifické genetické mutace. Součástí léčby nádorového onemocnění je také detekce následné progrese založená zejména na sledování nádorových biomarkerů. V současné době je stále více zkoumána možnost vyšetřování molekulárních markerů metodou tzv. tekuté biopsie, na kterou byla tato práce zaměřena. Hlavním cílem práce byl experimentální vývoj a validace metody záchytu ctDNA ze vzorků krevní plazmy na základě detekce vybraných somatických mutací. Vývoj a optimalizace systému založeného na principu denaturační kapilární elektroforézy probíhaly na vzorcích pozitivních na mutace onkogenu KRAS, následně byla provedena klinická část výzkumu na pilotním souboru 21 vzorků krevní plazmy. Na závěr práce byla metoda optimalizována pro detekci markerů BRAF a EGFR. Dílčím cílem práce bylo ověření klinické využitelnosti zvýšením citlivosti detekce a tím i podílu záchytu pacientů v pokročilém stádiu onemocnění. Výsledky práce naznačují možnost využití... Tumors are one of the leading causes of death worldwide. Generally, the prognosis is better if the treatment begins at an early stage. Nowadays, the conventional chemotherapy treatment of cancer, known for its limited efficacy and side effects, is being gradually replaced by targeted biological treatment, which is used when specific genetic mutations are found. A part of the treatment is a detection of a potential progression, which is mainly based on the tumor biomarkers monitoring. Currently, further investigation of a so-called liquid biopsy method are ongoing, on which this thesis is focused. The main aim of this work was the experimental development and validation of the method for detection of the ctDNA in the plasma samples based on the somatic mutations presence. For the development and optimization of the system on the principle of denaturation capillary electrophoresis, the samples of cancer patients with KRAS mutation were used. Subsequently, a clinical part of the research was performed on a pilot set of 21 plasma samples. Finally, the method was optimized for the detection of BRAF and EGFR markers. A partial objective was to improve the detection sensitivity and increase the capture of the ctDNA in patients with advanced stage of the disease. The results of this work suggest the...
Keywords: BRAF; colorectal cancer; ctDNA; denaturing capillary electrophoresis; DNA mutations; EGFR; KRAS; lung cancer; micropreparation; BRAF; ctDNA; denaturační kapilární elektroforéza; DNA mutace; EGFR; karcinom plic; kolorektální karcinom; KRAS; mikropreparace

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/91800

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-368039


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses