Original title:
Bioinformatický nástroj pro anotaci transposonů
Translated title:
Bioinformatics Tool for Transposons Annotation
Authors:
Jenčo, Michal ; Martínek, Tomáš (referee) ; Puterová, Janka (advisor) Document type: Master’s theses
Year:
2017
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Táto práca poskytuje teoretické východiská pre návrh nového bioinformatického nástroja pre anotáciu transpozónov so zameraním na ich prídavné štruktúrne prvky. Sú v nej z biologického hľadiska popísané transpozóny, mobilné elementy v DNA, ich rozdelenie a vnútorná štruktúra. Ďalej sa zaoberá prehľadom a rozdelením dostupných bioinformatických nástrojov na identifikáciu a anotáciu transpozónov, popisom funkcie a implementácie vybraných z nich. Následne je popísaný návrh a implementácia nového bioinformatického nástroja na vyhľadávanie a anotáciu LTR retrotranspozónov so zameraním na extra ORF a tandemové repetície. Funkcionalita nástroja bola testovaná na genóme A. thaliana. Bolo identifikovaných 95 skupín konzervovaných extra ORF a 10 skupín konzervovaných tandemových repetícií.
This thesis provides theoretical resources for the design of a new bioinformatics tool for transposon annotation with focus on their additional structural elements. There is a biological description of transposons, the mobile elements in DNA, their classification and structure. It further deals with the overview and classification of available transposon identification and annotation bioinformatics tools, description of function and implementation of a select few. Next we state the scheme of a new bioinformatics tool for LTR retrotransposon identification and annotation with a focus on extra ORFs and tandem repeats. The functionality of this new tool was tested on the A. thaliana genome. We identified 95 groups of conserved extra ORFs and 10 groups of conserved tandem repeats.
Keywords:
annotation; bioinformatics; extra ORF; LTR retrotransposons; satellite DNA; tandem repeats; transposons; anotácia; bioinformatika; extra ORF; LTR retrotranspozóny; satelitná DNA; tandemové repetície; transpozóny
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/69517