Original title: Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur
Translated title: RNA secondary structure visualization using existing structures
Authors: Eliáš, Richard ; Hoksza, David (advisor) ; Jelínek, Jan (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2016
Language: slo
Abstract: [eng] [cze]
Many research aim to RNA molecules and demand for tools enabling their analysis increased. First step is visual inspection of their secondary structure. In order to correctly lay out structure, the notion of optimal layout is required. However, this has never been formalized and is largely habitual. To tackle this problem we propose an algorithm capable of visualizing RNA structure using related one with known layout. Algorithm first converts both RNAs into a tree representation and using tree-edit-distance algorithm finds out the minimum number of operations to convert one structure into the other. All common motives are retained and the regions which differ are taken care of. Results show, that our algorithm is able to give good layouts even for relatively distant structures. It is well suited for visualization of homologous structures. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) Molekula RNA sa stáva predmetom mnohých štúdií, vďaka čomu rastie dopyt po nástrojoch pomáhajúcich pri jej analýze. Prvým krokom je často rozbor obrázka jej sekundárnej štruktúry. Aby sme molekulu rozvrhli čo najlepšie, potrebujeme poznať kritéria, ktoré by malo nakreslenie spĺňať. Tie nie sú formalizované a sú skôr intuitívne. Tento nedostatok riešime návrhom nového algoritmu, ktorý vizualizuje sekundárnu štruktúru pomocou už existujúcej vzorového obrázka. RNA prevedieme do stromovej reprezentácie, algoritmom tree-edit-distance minimálny počet operácií, ktoré nám prevedú jeden strom na druhý. Preto motívy spoločné pre obidva štruktúry ostanú nedotknuté a tie zvyšné dokreslíme. Výsledky ukazujú, že náš algoritmus je schopný vizualizovať aj relatívne vzdialené štruktúry. Využitie nájde najmä pri vizualizácií homologických štruktúr. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
Keywords: conservation; RNA; secondary structure; visualization; konzervovanosť; RNA; sekundárna štruktúra; vizualizácia

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/84549

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-354293


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses