Název:
Sumarizace genových expresních čipů z volně žijících druhů
Překlad názvu:
Summarization of gene expression arrays from free living species
Autoři:
Tuma, Vojtěch ; Mořkovský, Libor (vedoucí práce) ; Vomlelová, Marta (oponent) Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok:
2016
Jazyk:
cze
Abstrakt: [cze][eng] Pro zkoumání exprese exonů a genů v organismech se používají genové expresní čipy. Genové expresní čipy jsou vytvořeny podle genomů laboratorních kmenů modelových organismů. Pro zpracování naměřených dat se používají sumariza- ční algoritmy, nejčastěji gcRMA, PLIER nebo IterPLIER. Při použití expres- ních čipů pro zkoumání volně žijících druhů jsou naměřené hodnoty ovlivněny rozdílností genomů zkoumaných a modelových organismů. Navrhujeme zlepšení výsledků vyřazením částí genomu ovlivněných známými rozdíly mezi druhy ze sumarizace. Odstranění ovlivněných částí může zlepšit sumarizaci, především na exonové úrovni. 1Gene expression arrays are used to assess expression of exons and genes of orga- nisms. The design of expression arrays is based on a genome of laboratory strains of model organisms. The most frequent summarization algorithms used to pro- cess data from measurements are gcRMA, PLER and IterPLIER. When using expression arrays to research free living species, the measured values are influen- ced by differences in genomes of free living and model organisms. We propose a method to improve the results by removing parts of genomes influenced by known differences between species from the summarization. Removing influenced parts can improve summarization, especially on exon level. 1
Klíčová slova:
Expresní čip gcRMA PLIER Sumarizace Affymetrix; Expression array gcRMA PLIER Summarization Affymetrix