Original title: Studium interakce mezi DNA a transkripčními faktory pomocí hmotnostní spektrometrie.
Translated title: Study of the interaction between DNA and transcription factors using mass spectrometry.
Authors: Slavata, Lukáš ; Man, Petr (advisor) ; Obšil, Tomáš (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Transkripční faktory hrají v rámci buňky i celého mnohobuněčného organismu zásadní regulační úlohu. Důležitým faktorem, je jejich schopnost interagovat s ostatními regulačními proteiny a DNA. Přesto, že rozsáhlá část této interakční sítě je již zmapována, detailních informací o struktuře a dynamice protein-proteinových a protein-DNA komplexů je dosud velmi málo. V této práci jsme se zaměřili na možnosti studia konformačních změn daných tvorbou komplexu transkripčního faktoru s DNA pomocí strukturních metod hmotnostní spektrometrie: vodík/deuteriové výměny a chemického sítění. Jako modelový transkripční faktor jsme vybrali FOXO4, jehož DNA vazebná doména je strukturně dobře charakterizovaná jak ve volné formě, tak v komplexu s DNA (In Czech). Transcription factors play crucial regulatory role within the cell and the entire multicellular organism. The important factor is its ability to interact with other regulatory proteins and DNA. Despite the fact that a large part of the interaction network is already documented, detailed information on the structure and dynamics of protein-protein and protein-DNA complexes is still scarce. In this thesis we focused on the possibility of studying conformational changes given by the transcription factor-DNA complex formation using the methods of structural mass spectrometry: hydrogen/deuterium exchange and chemical crosslinking. As a model, we chose a transcription factor FOXO4 which DNA binding domain is structurally well characterized both in free form and in the complex with DNA.
Keywords: chemical cross-linking; deuterium exchange; FOXO4; hydrogen; mass spectrometry; protein-DNA interaction; transcription factor; chemické sítění; deuteriová výměna; FOXO4; hmotnostní spektrometrie; protein-DNA interakce; transkripční faktor; vodík

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/63438

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-332586


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses